מאוחר יותר במאה ה 18, יהודים קוצינים ויהודים אחרים התחילו גם ליצור קשרים דתיים עם בני ישראל. במאה ה 18 התחילו להגיע להודו מיסיונרים נוצרים שבין היתר התעניינו בה גם מבחינה אנתרופולוגית.מיסיונרים אלו התחילו לחפש את מוצאם האפשרי של בני ישראל ובעקבותיהם גם בני ישראל עצמם החלו לחקור את עברם

יש חוקרים הסוברים כי יהודי הודו הגיעו אליה לפני חורבן בית השני וזאת בגלל שהם קראו לעצמם "בני ישראל" ולא יהודים. אחרים הסיקו שבני ישראל הם מהשבטים האבודים, שהם שבטים ישראליים שגורשו מארץ ישראל על ידי העשורים במאה ה 8 לפני הספירה ואבדו להיסטוריה כלומר לא ידוע מה עלה בגורלם. סברה נוספת דבקה בכך שמוצאם משבטי זבולון או אשר.יש כאלה אמרו שבני ישראל הגיעו להודו בתקופה יותר מאוחרת במאה ה 6 או ה 7 לספירה ממדינות ערב או פרס כמו כן ישנם עוד תיאוריות. אחת הסיבות לכך שמניחים שקהילת בני ישראל נמצאת בהודו קרוב לאלפיים שנה היא אורך החיים יהודית מיוחדת שהייתה להם,קהילה הזאת לא ידעה חלק גדול מהמסורת היהודית שרובה התפתחה ביהדות בין מאה ה2 לפני ספירה למאה ה 3 אחרי הספירה.עם תחיית היהדות בקרבם על ידי דוד רחבי, התמנו על ידו שלושה גברים לתפקיד "קאזי",הקאזים מילאו את כל התפקידים הדתיים בחברה, תפקידים אלו עברו באופן תורשתי מאב לבן

במאה ה18 התחילו בני ישראל ליצור קשר דתי עם יהודים אחרים, בעיקר עם יהודי קוצין שחיו בחלק הדרומי של הודו וכן עם יהודי תימן ועיראק. הקשרים עם יהודי תימן נוצרו כאשר בני ישראל הוצבו כחיילים בריטים באדן שבתימן. בני ישראל גם הביאו להודו חזנים תימנים וכך התחילו בני ישראל לאמץ דרכי תפילה תימנים. היו שהסיקו מכאן שמוצאם של בני ישראל מיהודי תימן. בבתי כנסת הראשונים של יהודי בני ישראל, החזנים היו בדרך כלל תימנים, עיראקים או קוצינים. כמו כן התחילו להגיע להודו מוהלים ושוחטים וכך הקאזים התחילו לאבד את מעמדם כמנהיגי הקהילה. לקהילת בני ישראל היו וישנם מספר מנהגים ייחודיים, קהילה זאת עורכת כמעט בכל אירוע חגיגי או הכרת תודה, טקס מלידה, מלידה הוא טקס ביתי שבו אנשים יושבים מסביב למגש מלא פירות, תבלינים ואורז קלוי ושרים מזמורים. במזמור ראשון ועיקרי משבחים את אליהו הנביא כמבשר בואו של המשיח. אגדות בני ישראל מספרות על שני ביקורים של אליהו הנביא בקרבם, שאחריהם הוא חזר שמימה, המקרה הראשון היה מיד אחרי שהגיעו הניצולים הראשונים לחוף קונקן מעולפים והם הונשמו על ידי אליהו הנביא, המקרה השני קרה בתקופה מאוחרת יותר שבה אף הושארו סימנים במקום ממנו המריא אליהו הנביא שמימה, במקום זה בכפר חנדאלה ליד עיירה עלי באג (ליד העיר פונה גם קיימת עיירה שנקראת חנדאלה אבל הכוונה למקום אחר) נהגו בני ישראל לערוך תפילות דתיות. מנהג אחר ייחודי לבני ישראל היה הימנעות מאכילת בשר בקר, מנהג זה התחיל בשל קדושת הפרה להינדים. בני ישראל שרצו יחסים טובים עם שכניהם ההינדים נמנעו על כן מאכילת בשר בקר ובשר המקובל היה בשר כבש. מנהג נוסף שאימצו בני ישראל בהשפעת הסביבה ההודית הייתה אי נישואיי אלמנות ומכאן שערכו את הטקס ייבום וחליצה שעל פי המסורת היהודית חובה לבצע

הבית הכנסת הראשון של עדת בני ישראל הוקם ב 1796 על ידי שמואל דיוייקר, שהיה חייל בצבא בריטי בהודו, במסגרת שירותו הוא וחיילים יהודים (בני ישראל ) אחרים נשבו על ידי חייליו של שליט מוסלמי ממלכת מאייסור טיפו השולטן. טיפו שולטן נהג להוציא להורג שבויים שאינם מוסלמים אבל אמו שכנעה אותו לחוס על בני ישראל משום שהם מוזכרים בקוראן כעם הספר שאלוהים עשה עימם ברית. יש טוענים שלו קראו לעצמם בני ישראל יהודים,ולא בני ישראל קרוב לוודאי שהיו מוציאים אותם להורג שכן הקוראן מתייחס אל היהודים בצורה שלילית בעוד היא מתייחסת אל בני ישראל בצורה יותר חיובית. במשך הזמן הוקמו עוד בתי כנסת ותפילות רבים במקומות שבהם חיו יהודים, בשנת 1925 הוקם אפילו בית כנסת רפורמי, בין בתי כנסת נחשב זה שמעיירת פנוויל ליד מומבאי כבית כנסת בעל סגולות מיוחדות

עד לתחילת מאה ה 20 בני ישראל לא קראו לעצמם יהודים, מתקופה זו התחילו בני ישראל לקרוא לעצמם יהודים, בני ישראל כקהילה לא היו מעולם בעלי השפעה גדולה, עד לבואם של הבריטים הם עבדו בעיקר כמייצרי שמן של כפריהם, אבל היו ביניהם שהצליחו להתקדם במסגרת הצבאות של שליטים מקומיים לתפקידים בכירים ואף קיבלו על כך אדמות רבות

עם בואם של הבריטים הצטרפו רבים מהם לצבא שהקימו הבריטים ואף לקחו חלק פעיל במלחמותיהם. מאוחר יותר בני ישראל אימצו מקצועות כגון קבלני בניין, ומקצועות מודרניים אחרים. היו בין בני ישראל שהגיעו למשרות בכירות של שופטים, עורכי דין, רופאים, מנהלי מוסדות ומשרות בכירות אחרות בשרות המדינה

ב 1950 היו בני ישראל בשיא ומספרם הגיע ל30,000 לערך ומאז בגלל הגירתם בעיקר לישראל ומקצתם למדינות אחרות מספרם הולך ופוחת, בשנת 1988 הגיע מספרם בהודו לפחות מ 5,000 בני ישראל